Partek分析軟體 教學(四) 分析圖表- 其他簡易圖表

這邊來介紹一些Partek幾個簡單的小功能便可以畫出漂亮的圖表喔~~

Dot plot
步驟1.點選興趣的gene後，按滑鼠右鍵叫出功能表

接著選擇Dot plot 後便會秀出圖形啦，如果覺的圖形可用來做報告或發表的話也可以利用功能列中的

Advanced Pathway Painter – Array data 基因分群的利器

前置作業:
篩選出的Gene List需事先存成特殊的txt檔案。方式如下:
i.先以excel開啟欲分析的檔案

ii.可去除不必要的欄位，以免排版過微凌亂，但一定要保有Gene Symbol、RefSeq與 fold change 欄位
iii.另存新檔時在檔案類型地方選擇文字檔 Tab字元分隔

 
流程:
1. 至http://pathway.painter.gsa-online.de/ 網站下載，並安裝程式
2. 安裝過程很簡單，因此不多加敘述
3. 可自己更新pathway的database
 

Partek分析軟體 教學(三) 分析圖表-Hierarchical Clustering

步驟1. 選擇好要做的gene list

Partek分析軟體 教學(二) 資料統計

注意: 3'IVT gene expression系列的晶片(ex.U133)的步驟請直接跳至步驟4開始

步驟1.點開右側欄中的" Gene-level Analysis"

Partek分析軟體 教學(一) Afyymetrix 晶片資料匯入

步驟1. 執行軟體

步驟2. 選擇workflow

• 3'IVT gene expression系列的晶片(ex.U133)可選擇 "Gene Expression” 的workflow
• WT gene expression系列的晶片(ex.Gene ST1.0 or Exon ST1.0)可選擇 "Exon” 的workflow

Affymetrix晶片及probe詳細資料查詢

相信很多人在做完Affymetrix晶片後總要以QPCR來驗證晶片DATA的正確度，或是好奇這些晶片上所設計的probe位置、序列以及依些其他相關的資料。
Affymetrix也很貼心的提供了一個線上資料庫，讓使用affy產品的研究人員能有一個方便查詢資料的管道。在這邊介紹這個貼心的服務給各位研究先進參考。

What’s miRNA

miRNA發現的契機是源自1980年代初期，科學家們對於線蟲（Caenorhabditis elegans ; C. elegans ）的研究。在英國劍橋分子生物研究所的Sulton、Ambros博士以及麻省理工學院的Horvitz教授等人，發現在線蟲lin-4、lin-14、lin-28 與lin-29 基因上的突變，會導致其後期胚胎發育發生時間控制上的異時（heterochronic）缺陷。隨後的研究進一步證實，由lin-4 基因所合成出一段約22個核苷酸（nucleotide）的非編碼（non-coding）RNA序列，能夠與lin-14 基因所
轉錄（transcript）出的RNA之3'端不轉譯區（3' untranslated region; 3'UTR）的七個位置，進行不完全互補（mismatch） 3 。因為這樣的調控機制，使得lin-4 基因在lin-14蛋白的轉譯（translate）過程中，扮演抑制的角色。

Entrez

Entrez是一Web-based檢索系統，用以檢索下圖所示各資料庫，只要從其中一個資料庫出發，可在檢索結果中進行相關資料庫的檢索。

UniGene

人類基因組計畫的首要任務是對人類基因組進行全序列測定，整個基因組估計有30億個堿基對，其中大約3%可以編碼蛋白質，其餘部分的生物學功能還不清楚。轉錄圖譜可以把基因組中能夠編碼蛋白質的部分集中起來，因此是一種重要的資料資源。

RefSeq

RefSeq和LocusLink是基於NCBI和其他組織合作的校正的資料庫。兩者都使用由人類基因命名委員會定義的術語，並且包括了官方的基因符號和可選的符號。

GenBank

GenBank是一個有來自於70,000多種生物的核苷酸序列的資料庫。每條紀錄都有編碼區（CDS）特徵的注釋，還包括氨基酸的翻譯。GenBank屬於一個序列資料庫的國際合作組織，包括EMBL和DDBJ。
完整的GenBank資料庫包括序列檔，索引檔以及其它有關檔。索引檔是根據資料庫中作者、參考文獻等建立的，用於資料庫查詢。GenPept是由GenBank中的核酸序列翻譯而得到的蛋白質序列資料庫，其資料格式為FastA。