這邊來介紹一些Partek幾個簡單的小功能便可以畫出漂亮的圖表喔~~
Dot plot
步驟1.點選興趣的gene後,按滑鼠右鍵叫出功能表
接著選擇Dot plot 後便會秀出圖形啦,如果覺的圖形可用來做報告或發表的話也可以利用功能列中的
Microarray在Bioinformatics中現有的技術裡是一個不可或缺的角色,雖然未來有可能日漸被NGS取代,但令人不敢跨入的就是Data分析懂的人並不多。其實DATA分析現在很多商業化軟體都可以做得非常完善,但是還是有許多知識與分析步驟在起頭時仍需摸索,因此成立一個以中文為主的array分析部落格,收集相關資訊以及統計方法與步驟,讓台灣更多Lab對於Microarray的技術可以更加熟悉(當然價格親民還是得靠廠商),也歡迎相關領域的研究者在此互相分享學習。
1/15/2014
Advanced Pathway Painter – Array data 基因分群的利器
前置作業:
篩選出的Gene List需事先存成特殊的txt檔案。方式如下:
i.先以excel開啟欲分析的檔案
ii.可去除不必要的欄位,以免排版過微凌亂,但一定要保有Gene Symbol、RefSeq與 fold change 欄位
iii.另存新檔時在檔案類型地方選擇文字檔 Tab字元分隔
流程:
1. 至http://pathway.painter.gsa-online.de/ 網站下載,並安裝程式
2. 安裝過程很簡單,因此不多加敘述
3. 可自己更新pathway的database
篩選出的Gene List需事先存成特殊的txt檔案。方式如下:
i.先以excel開啟欲分析的檔案
ii.可去除不必要的欄位,以免排版過微凌亂,但一定要保有Gene Symbol、RefSeq與 fold change 欄位
iii.另存新檔時在檔案類型地方選擇文字檔 Tab字元分隔
流程:
1. 至http://pathway.painter.gsa-online.de/ 網站下載,並安裝程式
2. 安裝過程很簡單,因此不多加敘述
3. 可自己更新pathway的database
Subscribe to:
Posts (Atom)