Advanced Pathway Painter – Array data 基因分群的利器

前置作業:
篩選出的Gene List需事先存成特殊的txt檔案。方式如下:
i.先以excel開啟欲分析的檔案

ii.可去除不必要的欄位，以免排版過微凌亂，但一定要保有Gene Symbol、RefSeq與 fold change 欄位
iii.另存新檔時在檔案類型地方選擇文字檔 Tab字元分隔

 
流程:
1. 至http://pathway.painter.gsa-online.de/ 網站下載，並安裝程式
2. 安裝過程很簡單，因此不多加敘述
3. 可自己更新pathway的database
 

Affymetrix晶片及probe詳細資料查詢

相信很多人在做完Affymetrix晶片後總要以QPCR來驗證晶片DATA的正確度，或是好奇這些晶片上所設計的probe位置、序列以及依些其他相關的資料。
Affymetrix也很貼心的提供了一個線上資料庫，讓使用affy產品的研究人員能有一個方便查詢資料的管道。在這邊介紹這個貼心的服務給各位研究先進參考。

統計分析之--Principle component analysis (PCA)

主成分分析 Principle component analysis 說明
主成份分析所著重的在於如何「轉換」原始變項使之成為一些互相獨立的線性組合變數，而且經由線性組合而得的主成分仍保有原變數最多的資訊，其關鍵在「變異數」問題，利用求特徵值 eigenvalue 及特徵向量 eigenvector 之方法，過濾出佔最大變異數的型態，此即為最主要之型態。

Array 分析常用名詞及圖示

Scatter plot：散點圖，X軸Cy3數據值，Y軸Cy5數據值，表示晶片上兩通道數據總體分佈集中趨勢。