步驟2. 選擇workflow
步驟3. 匯入檔案
步驟4. 選擇要分析檔案的所在位置,並將左欄的要分析的CEL檔加到右邊欄位中
步驟5. 確認Normalization的方法為RMA,按下Import
步驟6. 匯入完成後會跳出此批數據的QC圖,觀看後可以關閉
Line Graph:
- Hybridization: Hybridizate前所加的spiking control (上—>下, 濃度 高-->低)
- Labling: 檢體前處理前所加入的spiking control ,可觀察放大以及labeling情況。(依使用kit會有不一樣的結果)
- 其他
Box plot: 可觀察normalize後數據分佈是否有一致
步驟7. 加入想分析的factor欄位
- 在想加入的欄位上滑鼠按右鍵選insert ,即可在該欄位左側新增一新欄位
步驟8. 輸入條件參數
- Label: 打入factor的名稱
- Type:選擇categorical
- Attribute: 選擇factor,如為Random effect請勾選
步驟10. 利用workflow中QA/QC工具初步觀察晶片實驗的數據好壞
- Histogram plot: 觀察晶片中probe intentity不同數值出現頻率的分佈情況,同一批實驗中應該會出現一致性
- PCA plot可看出晶片之間的差異性,差異愈大距離愈遠。因此同群組的檢體應當會有群聚的情況出現。
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