7/19/2012

Partek分析軟體 教學(一) Afyymetrix 晶片資料匯入

步驟1. 執行軟體
image
步驟2. 選擇workflow
    • 3'IVT gene expression系列的晶片(ex.U133)可選擇 "Gene Expression” 的workflow
    • WT gene expression系列的晶片(ex.Gene ST1.0 or Exon ST1.0)可選擇 "Exon” 的workflow
image
步驟3. 匯入檔案
image
步驟4. 選擇要分析檔案的所在位置,並將左欄的要分析的CEL檔加到右邊欄位中
image
步驟5.  確認Normalization的方法為RMA,按下Import
image
步驟6.  匯入完成後會跳出此批數據的QC圖,觀看後可以關閉
image
Line Graph:
  • Hybridization: Hybridizate前所加的spiking control (上—>下, 濃度 高-->低)
  • Labling: 檢體前處理前所加入的spiking control ,可觀察放大以及labeling情況。(依使用kit會有不一樣的結果)
  • 其他
Box plot: 可觀察normalize後數據分佈是否有一致

步驟7.  加入想分析的factor欄位
image
  • 在想加入的欄位上滑鼠按右鍵選insert ,即可在該欄位左側新增一新欄位

步驟8.  輸入條件參數
image
  • Label: 打入factor的名稱
  • Type:選擇categorical
  • Attribute: 選擇factor,如為Random effect請勾選
步驟9.  鍵入factor內容
image
步驟10.  利用workflow中QA/QC工具初步觀察晶片實驗的數據好壞

image
  • Histogram plot: 觀察晶片中probe intentity不同數值出現頻率的分佈情況,同一批實驗中應該會出現一致性
  • PCA plot可看出晶片之間的差異性,差異愈大距離愈遠。因此同群組的檢體應當會有群聚的情況出現。


No comments: