Affymetrix晶片及probe詳細資料查詢

相信很多人在做完Affymetrix晶片後總要以QPCR來驗證晶片DATA的正確度，或是好奇這些晶片上所設計的probe位置、序列以及依些其他相關的資料。
Affymetrix也很貼心的提供了一個線上資料庫，讓使用affy產品的研究人員能有一個方便查詢資料的管道。在這邊介紹這個貼心的服務給各位研究先進參考。



本教學採用Human gene array 1.0 ST array為範例進行GAPDH基因的查詢
Step 1.
當然第一步請先登入官方的網站
NetAffx網站:http://www.affymetrix.com/analysis/index.affx

Step2.

進入網頁後會有幾個選項
3'IVT EExpression: 3'IVT系列的晶片，如 U133，Mouse 430， Rat 230 等.....
Exon/Gene: 即WT系列的晶片，如Human exon 1.0 ST， Human gene 1.0 ST等.... (本範例選擇此項目)
Genotyping:DNA系列的晶片，如SNP，Cyto 等.....
最後一樣應該是Customer晶片，一般人很少用到
選擇完Exon/Gene選項後下方會出現三種選項，其後方接有解釋所查詢的內容為何

• NetAffx Query:  Search transcript clusters and probe sets for a particular term or identifier (key入ID or gene name查詢晶片上的probe設計資料)
  
• Batch Query:   Retrieve annotations for a probe list (可上傳gene list做批次查詢)
  
• Probe Match:   Find probe sets that identically match a nucleotide sequence (可貼上一序列查詢有無probe set設計在上頭)

因本範例是查詢GAPDH在Human Gene ST1.0 array上的probe設計資料，所以選擇NetAffx Query選項來查詢，另外本選項USER亦可輸入從RAW data中所得到的probset ID 或 Transcrip ID都可以查到相關資料。

Step3.

選定後會出現一個登入畫面，如已有帳號可以直接KEY入後submit出去，如果沒有請選擇右邊的New Customer來create一個新帳號

Step4.

登入後Key入基因symble or ID
Select a GeneChip Array(選擇要查詢的晶片類型，本範例選擇 Human Gene 1.0 ST)
Query For(表示要查詢的資料種類)
Transcipt Clusters為列出整個Transcript的詳細資料(包含EXON資料)，一般可先選擇此項目查詢
Exon probe sets則是進一步觀看該基因中每段exon的詳細序列以及所設計的probe位置與序列
選擇Transcipt Clusters後按下Submit送出


Step5.

經過幾秒的等待便會列出符合的項目，可將滑鼠移動到Transcript Cluster ID欄位進入觀看詳細資料。


表格前面通常為該基因的annotation，也可利用affy所做的超連結進入到其他的資料庫進行查詢。


下方表格則是affy對這個基因所設計的所有probe相關資訊與該基因的原始序列，其中亦可看到前面所提到的exon probe set序列資料。另外欄位probe X 與probe Y表示該probe在晶片上的位置可以發現每一個probe都沒接續在一起，這樣分散的設計當晶片實驗過程中某一區塊的汙損或失敗而無法得到正確的數值時可以藉由統計方式將基因表現的數值修正回來，所以雖說affy產品probe很短為他的缺點，但affy也利用的他半導體高密度製程的優勢彌補了先天上的缺陷，並大幅的提高晶片上基因表現的準確度。