8/23/2011

What’s miRNA

miRNA發現的契機是源自1980年代初期,科學家們對於線蟲(Caenorhabditis elegans ; C. elegans )的研究。在英國劍橋分子生物研究所的Sulton、Ambros博士以及麻省理工學院的Horvitz教授等人,發現在線蟲lin-4、lin-14、lin-28 與lin-29 基因上的突變,會導致其後期胚胎發育發生時間控制上的異時(heterochronic)缺陷。隨後的研究進一步證實,由lin-4 基因所合成出一段約22個核苷酸(nucleotide)的非編碼(non-coding)RNA序列,能夠與lin-14 基因所
轉錄(transcript)出的RNA之3'端不轉譯區(3' untranslated region; 3'UTR)的七個位置,進行不完全互補(mismatch) 3 。因為這樣的調控機制,使得lin-4 基因在lin-14蛋白的轉譯(translate)過程中,扮演抑制的角色。

Entrez

Entrez是一Web-based檢索系統,用以檢索下圖所示各資料庫,只要從其中一個資料庫出發,可在檢索結果中進行相關資料庫的檢索。
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UniGene

人類基因組計畫的首要任務是對人類基因組進行全序列測定,整個基因組估計有30億個堿基對,其中大約3%可以編碼蛋白質,其餘部分的生物學功能還不清楚。轉錄圖譜可以把基因組中能夠編碼蛋白質的部分集中起來,因此是一種重要的資料資源。

8/19/2011

RefSeq

RefSeq和LocusLink是基於NCBI和其他組織合作的校正的資料庫。兩者都使用由人類基因命名委員會定義的術語,並且包括了官方的基因符號和可選的符號。

GenBank

GenBank是一個有來自於70,000多種生物的核苷酸序列的資料庫。每條紀錄都有編碼區(CDS)特徵的注釋,還包括氨基酸的翻譯。GenBank屬於一個序列資料庫的國際合作組織,包括EMBL和DDBJ。
完整的GenBank資料庫包括序列檔,索引檔以及其它有關檔。索引檔是根據資料庫中作者、參考文獻等建立的,用於資料庫查詢。GenPept是由GenBank中的核酸序列翻譯而得到的蛋白質序列資料庫,其資料格式為FastA。

8/15/2011

miRNA extraction and quality

這是一份來自Genomics & Proteomics Core Laboratories, University of Pittsburgh 的Post,該Lab比較了miRNA extraction的各種方法,並利用QPCR來看spik miRNA的回收率所得到的結果
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5/25/2011

統計分析之--Principle component analysis (PCA)

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  • 主成分分析 Principle component analysis 說明
    主成份分析所著重的在於如何「轉換」原始變項使之成為一些互相獨立的線性組合變數,而且經由線性組合而得的主成分仍保有原變數最多的資訊,其關鍵在「變異數」問題,利用求特徵值 eigenvalue 及特徵向量 eigenvector 之方法,過濾出佔最大變異數的型態,此即為最主要之型態。
  • 5/19/2011

    Array 分析常用名詞及圖示

    Scatter plot:散點圖,X軸Cy3數據值,Y軸Cy5數據值,表示晶片上兩通道數據總體分佈集中趨勢。
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