Partek分析軟體 教學(二) 資料統計

注意: 3'IVT gene expression系列的晶片(ex.U133)的步驟請直接跳至步驟4開始

步驟1.點開右側欄中的" Gene-level Analysis"





步驟2. 跳出對話視窗詢問要以哪種統計方式summerize gene的probe set*表現，一般以預設的mean值計算即可

* Affymetrix一個基因有好幾組probe set組成一個exon，一個probe set中又由好幾個probe組成 (每一個probe為25bp)

步驟3. 跑完後左側會出現一個新的spreadsheet


步驟4.

選擇Detect differentilly expressed genes，跳出對話視窗。將想要分析的factor加入到右側欄位並按下Contrast

步驟5.

將左欄的群組加入右側，對照組為右下方(2)實驗組為右上方(3)，按下Add Contrast。 如有多組群組則重複上述步驟或利用Add Combinations方式可將一對多的比較一次加入。加入完後按下OK會回到上一個視窗，再按一次OK就開始跑統計計算。
跑完後gene-summary.txt下方會再出現一個新的spreadsheet


步驟6. 建立有興趣的 gene list

• 選擇workflow中的 "creat gene list”
• 點選要比較的group
• 第3步中設定要篩選出的基因倍數(預設為2倍以上及-2倍以下，可依篩選出的基因數來調整門檻)
• Singnificance P value 可以FDR去篩但較為嚴苛，如右邊顯示篩出基因數目太少可在下拉式選單中改成一般的P value 篩選(如實驗無重複，篩選P值方框請勿打勾)
• 第4步驟中可自行更改成你要命名的List名稱，按下create即可生成一個新的spreadsheet

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