miRNA extraction and quality

這是一份來自Genomics & Proteomics Core Laboratories, University of Pittsburgh 的Post，該Lab比較了miRNA extraction的各種方法，並利用QPCR來看spik miRNA的回收率所得到的結果



就抽取total RNA來說miRNeasy(Qiagen)表現較好，而採用smal RNA enrichman方法的kit中則是Pure Link(Invitrogen)回收率比較高。
這是另一篇paper所做的比較

電泳圖中可看出TRIzol所抽出的LMW RNA yiel 相當的高， mirVana與TRIzol相比則跟上篇study的data相差甚多。
miRNA在進行microarray前，sample通常會先以Agilent 2100 Bioanalyzer進行更高解析度的RNA品質檢定，雖說該公司已有推出for small RNA的專用晶片，但一般實驗室在RNA分析上所採買的晶片還是以RNA 6000 Nano Assay這款為主，另外在採購Small RNA Assay對經費較欠缺的實驗室的確是一大負擔。
因此，Masotti等人以RNA 6000 Nano Assay結合polyacrylamide電泳明確的指出一般RNA 6000 Nano Assay所跑出的波形圖中各個peak所代表的意義。
   
RNA 6000 Nano Assay 所產生的圖形
 
LMW RNAs 各個peak所代表的small RNA 種類

Peak A.B.G: might belong to other LMW RNA species,such as smaller tRNAs, pre-miRNAs, and small nuclear or nucleolar RNAs.
Peak C:    tRNA
Peak D:   maybe described as a further tRNA peak.
Peak E:   5S
Peak F:   5.8S


Masotti等人定義出每個不同peak所代表的small RNA種類，並比較了以不同RNA extraction method 所純化出的small RNA 有何差異??

圖中可看出TRIzol方法所純化的small RNA較為完整，如以一般的RNA 純化kit純化則只能看到單一peak(5.8S)。
結論:
因兩篇study並未同時測試Qiagene的miRNeasy，但已TRIzol來說表現已經表現當不錯，除步驟比較繁複且有毒性外因大部分實驗室皆有此套kit故可少去購置另套kit成本。


來源:

1. http://www.genetics.pitt.edu/forms/flyers/miRNAextractionevaluation.pdf
   
2. Masotti et al.  Quantification of Small Non-Coding RNAs Allows an Accurate Comparison of miRNA Expression Profiles.  Journal of Biomedicine and Biotechnology 2009, Article ID 659028

補充:
Agilent Bioanalyzer Small RNA assay 圖形

RNA 6000 Nano Assay & Small RNA assay可得到的data差異