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9/14/2012

Partek分析軟體教學(三) 分析圖表-Hierarchical Clustering

步驟1. 選擇好要做的gene list

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Array 分析常用名詞及圖示

Scatter plot：散點圖，X軸Cy3數據值，Y軸Cy5數據值，表示晶片上兩通道數據總體分佈集中趨勢。
統計分析之--Principle component analysis (PCA)

主成分分析 Principle component analysis 說明主成份分析所著重的在於如何「轉換」原始變項使之成為一些互相獨立的線性組合變數，而且經由線性組合而得的主成分仍保有原變數最多的資訊，其關鍵在「變異數」問題，利用求特徵值 eigenvalue 及特...
Affymetrix晶片及probe詳細資料查詢

相信很多人在做完Affymetrix晶片後總要以QPCR來驗證晶片DATA的正確度，或是好奇這些晶片上所設計的probe位置、序列以及依些其他相關的資料。 Affymetrix也很貼心的提供了一個線上資料庫，讓使用affy產品的研究人員能有一個方便查詢資料的管道。在這邊介紹這個...
Partek分析軟體教學(一) Afyymetrix 晶片資料匯入

步驟1. 執行軟體步驟2. 選擇workflow 3'IVT gene expression系列的晶片(ex.U133)可選擇 "Gene Expression” 的workflow WT gene expression系列的晶片(ex.Gene...
Partek分析軟體教學(三) 分析圖表-Hierarchical Clustering

步驟1. 選擇好要做的gene list
Partek分析軟體教學(四) 分析圖表- 其他簡易圖表

這邊來介紹一些Partek幾個簡單的小功能便可以畫出漂亮的圖表喔~~ Dot plot 步驟1.點選興趣的gene後，按滑鼠右鍵叫出功能表接著選擇Dot plot 後便會秀出圖形啦，如果覺的圖形可用來做報告或發表的話也可以利用功能列中的
What’s miRNA

miRNA 發現的契機是源自1980年代初期，科學家們對於線蟲（Caenorhabditis elegans ; C. elegans ）的研究。在英國劍橋分子生物研究所的Sulton、Ambros博士以及麻省理工學院的Horvitz教授等人，發現在線蟲lin-4、lin-14、...
Advanced Pathway Painter – Array data 基因分群的利器

前置作業: 篩選出的Gene List需事先存成特殊的txt檔案。方式如下: i.先以excel開啟欲分析的檔案 ii.可去除不必要的欄位，以免排版過微凌亂，但一定要保有Gene Symbol、RefSeq與 fold change 欄位 iii.另存新檔時在檔案...
Partek分析軟體教學(二) 資料統計

注意: 3'IVT gene expression系列的晶片(ex.U133)的步驟請直接跳至步驟4開始步驟1.點開右側欄中的" Gene-level Analysis"
miRNA extraction and quality

這是一份來自Genomics & Proteomics Core Laboratories, University of Pittsburgh 的Post，該Lab比較了miRNA extraction的各種方法，並利用QPCR來看spik miRNA的回收率所得到的結果...